Научная деятельность Института направлена в первую очередь на решение современных проблем эпидемиологии, создание инновационных методов диагностики для борьбы с социально значимыми инфекционными заболеваниями, внедрение их в практическое здравоохранение и систему санитарно-эпидемиологического надзора.

Научный потенциал ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора – 8 действительных членов РАН, более 180 докторов и кандидатов наук, 6 лауреатов Государственных премий, 24 лауреата премий Правительства РФ и г. Москвы. 56 % научных сотрудников Института – это молодые ученые.

Сегодня на базе Института функционируют: Центр геномных исследований мирового уровня по обеспечению биологической безопасности и технологической независимости, Научный центр по профилактике и борьбе со СПИДом, Научно-методический центр иммунопрофилактики Роспотребнадзора, 11 Всероссийских референс-центров Роспотребнадзора, 4 проблемных комиссии ученого совета Роспотребнадзора, 17 научно-исследовательских лабораторий и 8 научных групп. В Институте функционирует Всероссийский учебный центр по молекулярной диагностике инфекционных болезней для повышения квалификации врачей в области клинической лабораторной диагностики. В 2022 году ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора стал девятым в мире международным Референс-центром Продовольственной и сельскохозяйственной организации Объединенных Наций (ФАО) по устойчивости к противомикробным препаратам.

Научная деятельность ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора является важной составляющей федеральной государственной программы по обеспечению биобезопасности и санитарно-эпидемиологического благополучия населения нашей страны «Санитарный щит».

• изучение причин и факторов, определяющих тенденции эпидемического процесса и клинического течения инфекционных болезней в современных условиях;
• совершенствование системы эпидемиологического надзора и контроля за инфекционными болезнями;
• разработка и совершенствование методов эпидемиологического и социально-экономического анализа;
• разработка системы эпидемиологического надзора, изучение клиники, совершенствование методов лечения и профилактики ВИЧ-инфекции;
• изучение эпидемиологии, клиники, диагностики и профилактики новых и вновь возникающих инфекций;
• разработка проблем клинической иммунологии, совершенствование и создание новых физико-химических и иммунохимических методов диагностики инфекционных болезней;
• разработка и производство тест-систем для молекулярной диагностики инфекционных болезней;
• разработка новых подходов к стратегии и тактике специфической профилактики инфекционных болезней;
• изучение молекулярных механизмов патогенеза и иммуногенеза инфекционных болезней;
• разработка и совершенствование методов и средств терапии инфекционных болезней у взрослых и детей;
• разработка, доклиническое и клиническое исследование новых антивирусных, антипаразитарных и иммуномодулирующих препаратов;
• изучение микробной экологии организма человека; оценка ее значимости в патогенезе различных инфекционных заболеваний;
• разработка критериев и экспертная оценка эпидемиологической, биологической и микробиологической безопасности среды обитания человека (вода, пищевые продукты, лекарственные препараты).